Protezione Adulti
L'abitacolo regge bene l'impatto frontale. Buona la protezione offerta alle ginocchia e ai femori degli occupanti anteriori, anche per persone con statura differente dalla media. In entrambi i crash test laterali la protezione del torace e dell'addome è accettabile. Buona la protezione dal colpo di frusta per i posti anteriori, insufficiente quella dei posti posteriori.
Protezione Bambini
Massimo punteggio per il bambino di 18 mesi. Il bambino di 3 anni subisce una tensione di livello medio sul collo. L'airbag del passeggero può essere disattivato, lo stato di attivazione è ben segnalato al pilota. Tutti i tipi di seggiolini previsti da Skoda sono installabili, ad eccezione di quelli di gruppo II/III sul sedile posteriore centrale.
Protezione Pedoni
Buona la prestazione del paraurti, e mediocre quella del bordo del cofano, con alcune zone troppo rigide. Problemi seri nella zona del bordo del parabrezza.
Safety Assist
ESC, avvisatori per le cinture slacciate per tutti i posti a sedere sono di serie su tutte le Skoda Fabia. Valutato da Euro NCAP anche il limitatore di velocità, optional ma presente sulla maggioranza di vetture vendute. Il sistema di frenata autonoma è optional, quello ad alta velocità è stato valutato, ha superato i test in maniera adeguata. Il mantenitore della corsia non è disponibile.